1790 übernimmt Johann Bartholomäus Trommsdorff (1770-1837), der älteste Sohn von W. B. Trommsdorff, die Leitung der Apotheke. Johann Bartholomäus Trommsdorff hatte, von Gren beeinflusst, während der Jahre 1784-1787 bei Wilhelm Heinrich Sebastian Bucholz in Weimar die Apothekenlehre absolviert und war von 1788 bis 1790 Apothekengehilfe in Stettin und Stargard.

Am 13.11.1795 eröffnet J. B. Trommsdorff die von ihm gegründete und in der Apotheke untergebrachte „Chemisch-physikalisch-pharmazeutische Pensionsanstalt“, die erste moderne chemisch-pharmazeutische Ausbildungsstätte Deutschlands mit nationaler Vorbildwirkung, die bis 1828 existiert und aus der eine Vielzahl weithin bekannte Schüler aus verschiedenen europäischen Ländern hervorgeht. Er führte damit den Apothekerberuf vom Handwerk zur Wissenschaft. Damit gilt er als einer der Gründerväter der modernen Pharmazie.

1796 erfolgt die Erweiterung der Apotheke durch Zukauf des restlichen Teils des Hauses „Zum grünen Strahl“ in der Schlösserstraße.

Ab 1797 beginnt die  Massenproduktion von „ächtem, unverfälschtem Pfeffermünzöl“ durch J. B. Trommsdorff in dessen Apothekenlaboratorium. Daraus entsteht 1837 die Chemische Fabrik seines Sohnes Christian Wilhelm Hermann Trommsdorff (1811-1884).

1801 pachtet J. B. Trommsdorff die Apotheke. Seit 1795 ist er außerordentlicher sowie seit 1811 ordentlicher Professor der Chemie an der medizinischen Fakultät der Universität Erfurt. Er veröffentlicht über 700 z.T. in neun Sprachen übersetzte wissenschaftliche Arbeiten.

1826 geht der Besitz der Apotheke und des Apothekengrundstücks auf J. B. Trommsdorff über, der von 1809 bis 1822 auch Inhaber der Hofapotheke in Rudolstadt ist.

Am 08.03.1837 stirbt J. B. Trommsdorff und sein Sohn, Christian Wilhelm Hermann Trommsdorff, übernimmt die Apotheke und gründet im Apothekengebäude die Chemischpharmazeutische Fabrik.

Die seit 1837 von dem Apothekengeschäft getrennte Fabrikation chemisch-pharmazeutischer Präperate wird 1841/1842 in die Weißfrauengasse 3-4 verlegt. Die vorzügliche Qualität der Produkte der Chemischen Fabrik H. Trommsdorf wird u.a. 1855 durch die Verleihung des französischen Ordens der Ehrenlegion an Cr. W. H. Trommsdorf gewürdigt.

1865 erfolgt die Übernahme der Leitung der Schwan-Apotheke durch Carl Herrmann Trommsdorff.

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